Po ogłoszeniu w drugiej połowie 2008 r., przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, projektów ustawy o Polskiej Akademii Nauk i ustawy o zasadach finansowania nauki, Prezydium Rady Towarzystw Naukowych, z uwagi na fakt, że w projekcie Ustawy o PAN nie uwzględniono współdziałania Polskiej Akademii Nauk z towarzystwami naukowymi, przygotowało nowy projekt odrębnej Ustawy o towarzystwach i stowarzyszeniach naukowych, zawierający definicje określające zakres i formy działalności towarzystw naukowych oraz zaproponowane przez MNiSW zmiany przepisów o finansowaniu nauki.
Projekt, po akceptacji przez rozszerzone Prezydium Rady w dniu 12 grudnia 2008 r. i przez Polską Akademię Umiejętności, przekazano – w czasie odbytych w dniach 23 stycznia i 4 lutego 2009 r. spotkań – Prezesowi Polskiej Akademii Nauk i przewodniczącemu Komisji Nauki, Edukacji i Sportu Senatu RP.
Celem ustawy jest poprawa funkcjonowania towarzystw naukowych w warunkach gospodarki rynkowej, zwiększenia ich oddziaływania na rozwój polskiej nauki i wzmocnienia ich roli w procesie budowy społeczeństwa opartego na wiedzy. Projekt ustawy obejmuje rozwiązania prawne dotyczące sposobu finansowania społecznego ruchu naukowego w Polsce, uwzględniający proponowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego zmiany w systemie finansowania polskiej nauki, w tym ustalenie warunków finansowania działalności towarzystw i stowarzyszeń naukowych, zarówno z budżetu na naukę, jak i przez jednostki samorządu terytorialnego, inne jednostki i sponsorów oraz zadania towarzystw wynikające z wejścia Polski do Unii Europejskiej i budowania społeczeństwa opartego na wiedzy. Projekt zmienia również usytuowanie i zadania Rady Towarzystw Naukowych, przekształcając ją w usytuowany przy Ministrze Nauki i Szkolnictwa Wyższego organ przedstawicielski towarzystw naukowych. Projekt przewiduje, że Rada współdziałając z ministrem właściwym do spraw nauki oraz z innymi organami władzy i administracji publicznej w ustalaniu polityki państwa w zakresie nauki, będzie instytucją opiniodawczo-doradczą dla Sejmu, Senatu, ministra właściwego do spraw nauki i innych naczelnych organów administracji państwowej w sprawach tworzenia, funkcjonowania i zasad finansowania oraz oceny działalności towarzystw naukowych.